Năm Tuy Hòa thứ 2 (7 TCN), Lưu Kì Tử lâm trọng bệnh, Phùng Thái hậu vất vả chăm sóc, ngày đêm cầu khấn thần linh.

Hán Ai Đế vừa đăng cơ, nghe đến em họ bị bệnh, bèn sai Trương Do (張由) đến xem xét thăm bệnh. Nhưng sau đó, Trương Do bị bệnh cuồng phát tác, tự tiện quay về Trường An. Sau khi trở về Trường An, Thượng thư đối với việc Trương Do tự tiện quay về hạch tội, Trương Do sợ hãi và tố cáo Phùng Thái vương thái hậu dùng trò phù thủy, đang nguyền rủa Ai Đế cùng Hoàng tổ mẫu của ông là Phó Thái hậu.

Phó Thái hậu lúc này hiện đã mang tước vị cao quý là Cung hoàng thái hậu (恭皇太后), vốn rất căm ghét Phùng Thái hậu do việc bà xả thân cứu Hán Nguyên Đế năm xưa, nay nhân cơ hội muốn dồn Phùng Thái hậu vào chỗ chết. Phó Thái hậu sai Đinh Huyền (丁玄) thẩm tra vụ án, bắt quan lại của Trung Sơn vương cùng người nhà của Phùng Thái hậu phân biệt giam cầm ở Lạc Dương, Ngụy quận và Cự Lộc. Sau đó, Phó Thái hậu một hoạn quan tên Sử Lập (史立), cùng Thừa tướng Trưởng sử phối hợp Đại Hồng lư thừa thẩm tra vụ án. Sử Lập hùa với Phó Thái hậu, giả mệnh tra khảo một số người liên quan với Phùng Thái hậu, trong đó có em gái bà là Phùng Tập (馮習) và em dâu là Phùng Quân Chi (馮君之; vốn không rõ họ gì, gọi theo họ chồng). Thế nhưng, Sử Lập vẫn không đủ chứng cứ tố cáo Phùng Thái hậu. Vu sư Lưu Ngô thừa nhận đã làm việc bùa phép, còn Y sĩ Từ Toại đã nói rằng Phùng Tập cùng Quân Chi từng nói:"Thời Vũ Đế, có Y sĩ Tu thị chữa khỏi bệnh cho Vũ Đế, tiền thưởng 2.000 vạng bạc. Hiện tại không thể chửa khỏi bệnh cho Thượng, lại không thể phong Hầu, chi bằng giết chết Thượng, khiến Trung Sơn vương kế vị, là có thể phong Hầu rồi!". Sử Lập thượng tấu tố cáo Phùng Thái hậu cùng một cơ số người tiến hành nguyền rủa Hoàng đế, đại nghịch bất đạo. Thế rồi, triều đình tiến hành tra khảo riêng Phùng Thái hậu, nhưng bà nhất quyết không chịu nhận.

Sử Lập khi đó đành ám thị ai là chủ mưu việc điều tra lần này, nói:"Gấu chạy lên trên điện, ngài từng dũng cảm như thế nào?! Bây giờ sợ hãi co rúm, thật khác xa!". Biết được Phó Thái hậu là chủ mưu, Phùng Thái hậu trở về tẩm cung nói tả hữu rằng:"Đó là chuyện xưa của tiền triều, làm sao một tiểu quan viên lại có thể biết?! Đây rõ ràng là muốn hãm hại ta", nói xong bà liền tự sát bằng thuốc độc. Năm đó, có 17 người trong nhà bà bị giết, chỉ duy nhất cháu trai là Lưu Kì Tử được tha[11]. Trước khi Phùng Thái hậu tự sát, những quan môn liên quan thẩm tra tấu xin Hán Ai Đế truy sát Phùng Thái hậu, nhưng Hoàng đế không nỡ, chỉ phế làm Thứ nhân, dời đến Vân Dương cung (雲暘宮). Sau khi Phùng Thái hậu trước, quan viên tấu thỉnh nói Phùng Thái hậu chết trước khi có chiếu phế làm Thứ nhân, do đó Ai Đế dùng lễ nghi dành cho Chư hầu Vương thái hậu mà hạ táng. Khi đó, Nghi Hương hầu Phùng Tham, Phùng Tập, Quân Chi và chồng, cùng một cơ số đã bị bức ép tự sát. Có con gái Phùng Tham là Phùng Biện (馮弁) vốn là Trung Sơn Hiếu vương hậu, bị phế làm Thứ nhân, cùng cơ số những người còn lại trong gia tộc họ Phùng dời về nguyên quán[12]

Năm 1 TCN, Hán Ai Đế cùng tổ mẫu là Hoàng thái thái hậu Phó thị qua đời, Thái hoàng thái hậu Vương Chính Quân cùng Vương Mãng nắm lại đại quyền, Phùng Thái hậu mới được hồi phục danh dự và địa vị muôn phần tôn quý của mình. Cháu nội bà là Trung Sơn vương Lưu Kì Tử được lập lên ngai vàng, đổi tên thành Lưu Khản, tức Hán Bình Đế.